Născut în Onești, a studiat Fizică-Chimie la Universitatea Babeș-Bolyai (Cluj) și la Universitatea Bucureşti. Din anul 1999 a studiat la Universitatea Națională de Muzică din București (UNMB) și în anul 2012 devine doctor în muzică al UNMB. Urmează cursuri de master la Universität für Musik und darstellende Kunst Wien (Universitatea de Muzică din Viena), în anii 2004 şi 2005. În 2010 devine Dirijor asistent al Bamberger Symphonikern Staatsphilharmonie, cu Jonathan Nott, și al Tonhalle Zurich, Orchestre de la Suisse Romande, Geneva, Orchestra Rundfunk Berlin, Concertgebouw Amsterdam, Orchestre de Chambre de Lausanne. Colaborează și asistă dirijorii: Cristian Mandeal, Alexandre Myrat, Seiji Ozawa, Zubin Mehta, David Zinman, Bernard Haitink, Mariss Jansons, Andris Nelsons, Vladimir Jurowski, Herbert Blomstedt.

Personalitate culturală activă și multidisciplinară, este cunoscut pentru activitatea artistică revoluționară și pentru proiectele culturale create și manageriate de-a lungul timpului. Este considerat cel mai nonconformist dirijor român al momentului, cu o ascensiune surprinzătoare și atipică, fascinând prin ineditul interpretărilor personale și prin concepte de spectacol neconvenționale.

Ca manager al Filarmonicii de Stat Sibiu, nu a renunțat la bagheta de dirijor și în foarte multe concerte simfonice se află în fața publicului meloman sibian. Werner Schulze, profesor de dirijat al maestrului Kirill Petrenko, consideră că „numele Cristian Lupeș este sinonim cu garanția succesului total pentru interpretarea partiturilor contemporane”. Înregistrările cu muzică modernă, contemporană și cu muzică românească sunt considerate etalon, motiv pentru care sunt trimise ca model de interpretare orchestrelor invitate în Festivalul George Enescu.

Calitățile manageriale și abilitatea cu care abordează repertoriile contemporane și moderne au fost apreciate de marele și regretatul compozitor Liviu Dănceanu, care l-a desemnat printr-un testament spiritual să îi continue munca de coordonare a primului festival de muzică contemporană din țară, „Zilele Muzicii Contemporane”, de la Bacău.

Fondează prima orchestră de proiecte din România, Bucharest Festival Orchestra, o platformă artistică ce adună, sub propria umbrelă, cei mai buni muzicieni, actori şi dansatori, care colaborează cu graficieni şi designeri tineri şi talentaţi, în scopul creării unor evenimente excepţionale, multimedia.